पूर्वोत्तर सीमांत रेलवे पांच प्रभागों अर्थात् है, तिनसुकिया, लुमडिंग, रंगिया अलीपुर और कटिहार और क्षेत्र के स्तर पर इन प्रभागों सीधे ट्रेन संचालन और रिपोर्ट के लिए महाप्रबंधक को भी जिम्मेदार है. इन प्रभागों के प्रत्येक मंडल रेल प्रबंधक, संयुक्त सचिव भारत सरकार को पद के एक वरिष्ठ प्रशासनिक ग्रेड अधिकारी के नेतृत्व में है.
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